Figlio di Daniele, centrocampista di Vicenza, Atalanta e Juventus negli anni 80 e nel recente passato allenatore della Primavera del Vicenza (e per un periodo responsabile del settore giovanile biancorosso), Stefano Fortunato, portiere nato a Torino il 15 gennaio 1990 è cresciuto calcisticamente nei settori giovanili di Montecchio, Parma e Pro Patria debuttando in un campionato maggiore nella stagione 2006/2007, disputando 10 partite in serie D con il Montecchio Maggiore, in forza al quale disputa anche la stagione successiva, sempre in serie D.
Fa il suo esordio tra i professionisti nella stagione 2011/2012 con la maglia del Modena, nella penultima gara del campionato di Serie B contro il Torino (2-0 per i granata il risultato finale).
Nel 2012/2013 in serie B veste la maglia del Vicenza per la prima volta senza però mai scendere in campo ma andando varie volte in panchina in veste di riserva di Pinsoglio e Coser all’epoca titolari del ruolo.
Nel 2013/14 viene ceduto al Venezia in Prima Divisione dove rimane per due stagioni: poche le apparizioni (9 con 10 reti subite) nella prima, meglio invece la seconda dove gioca per 27 volte (con 30 reti al passivo) . Nel 2015/16 passa all’Arezzo firmando un contratto annuale ma non trova spazio e a febbraio viene ufficializzato il suo passaggio al Novara, senza grande fortuna visto che neanche in piemonte riuscirà a scendere mai in campo, terminando la stagione con zero presenze.
A settembre del 2016 viene acquistato dal Sudtirol con un contratto annuale e il nuovo tecnico Colombo lo schiera nelle ultime due gare della stagione con Padova (vittoria 1-0) e Mantova (sconfitta 3-1).