Nato a Ferrara il 27 maggio 1980 , Thomas Manfredini è un difensore mancino di 182 cm, che ha iniziato la carriera come terzino sinistro ma che in seguito si è specializzato nel ruolo di centrale.
Le più di 200 presenze nella massima serie e le oltre cento in serie B, ne fanno uno dei giocatori più esperti della categoria in attività

Inizia la sua carriera nel 1997, nella squadra della sua città, la Spal, dove raccoglie 14 presenze in due anni tra C2 e C1. Successivamente passa all’Udinese dove rimane dal 1999 al gennaio 2004, mettendo insieme 64 presenze e 2 reti sempre in serie A.
Dal gennaio 2004 al 2007 gioca in serie B ma è un lungo peregrinare per la penisola tra Fiorentina (dove raggiunge la promozione in A), Catania, Rimini e Bologna. Nel 2007 l’Atalanta, proprietaria del suo cartellino, dopo vari prestiti, decide finalmente di trattenerlo e inizia per Manfredini un lungo periodo in maglia nerazzurra, che terminerà solo nel gennaio 2013 con il passaggio al Genoa concludendo così 6 stagioni (5 in A e una in B) con 133 presenze e 4 reti con gli orobici.
Al Genoa Manfredini rimane dal gennaio 2013 al gennaio 2014 totalizzando in tutto, 26 presenze e venendo ceduto nel mercato invernale a titolo definitivo al Sassuolo, dove però troverà poco spazio (appena 3 presenze totali). In questa stagione finora non è ancora sceso in campo.

Curiosità: Nel 2011 è stato indagato nell’ambito dell’Operazione Last Bet: un’inchiesta su scommesse illegali nel calcio, basate sulla manipolazione dei risultati delle partite del campionato di Serie B e di Lega Pro^. Il 3 agosto 2011 il procuratore federale Stefano Palazzi ha chiesto per lui 3 anni di squalifica, e il 9 agosto 2011 la richiesta è stata accolta. Successivamente, il giocatore è stato però prosciolto da ogni accusa in secondo grado.